真菌医学研究センターは、平成21年、文部科学大臣から共同利用・共同研究拠点『真菌感染症研究拠点』に認定され、関連コミュニティに属する多くの研究者との共同利用・共同研究を推進しています。
本拠点では、病原真菌・放線菌による難治性疾患研究とその成果による社会貢献を目的として、病原真菌・放線菌のバイオリソースを基盤として整備・活用し、病原真菌・放線菌の基礎研究およびそれらによる
感染症の診断・治療・予防法、宿主免疫応答などの研究において、国内外の教育研究機関と共同研究を行い、関連分野の人材を育成することを目標とした活動を行っています。また、関連するコミュニティにおける
研究会（シンポジウム）の開催を支援しています。
なお本拠点は、平成27年度の期末評価で「A」評価を受け、拠点として再認定されました。平成28年度からは、これまでの真菌・放線菌及びそれに起因する感染症の研究に加え、真菌・放線菌以外の病原体を対象にした共同研究や、異分野融合を目指す学際的な共同研究についても積極的な支援を行っています。
